化工原理Principle of Chemical Engineering：总学时48。
主要讲述化工生产中的“三传”（动量传递、热量传递和质量传递）问题。课程一般以三种传递现象的基本原理为主线，以物料衡算、能量衡算、平衡关系、传递速率、经济核算等基本概念为理论依据，课程的主要任务是介绍流体流动、传热、传质过程的基本原理及主要单元操作的典型设备构造、操作原理、过程计算、设备选型及实验研究方法等。
中药学The Science of Chinese Materia Medicine：总学时60。
中药学是专门研究中药的基本理论及各种中药性能、功能和应用方法等知识的一门学科。教材分总论、各论、附篇三部分。总论部分系统介绍中药学的发展概况、中药的产地与采集、中药的性能(包括四气、五味、升降浮沉、归经、毒性)、中药的作用和基本原理、中药的配伍、炮制的目的、用药禁忌等中药学基本理论知识。各论共收载全国各地区常用药532种，按主要功效分列21章介绍。每章先列概说，介绍该章药物的概念、药性特点、功效、适应范围、分类、主要配伍方法、使用注意等内容。每味药以来源、性味归经、功效、临床应用、用法用量、使用注意、性能特点等详细论述。
中药化学Chemistry of Traditional Chinese Medicine：总学时60，讲课学时：40，实验学时：20。
中药化学是运用现代科学理论和方法研究中药化学成分的学科，是中药专业的一门专业课程，同时又有专业基础课的性质。通过教学使学生掌握中药（主要来源于植物）中所含主要类型化学成分的概念、基本化学结构、重要理化性质、提取、分离检识的基本理论和技能；掌握某些常用中药中所含主要成分的结构类型、重要性质、提取分离方法；熟悉某些类型化合物的分类、结构鉴定方法，了解各类型化学成分的分布、生物活性，为今后从事中药活性成分研究、从事新药研究、从事中药制药、中药鉴定等奠定必要的基础。
中药炮制学Chinese Medicinal Herbs Preparation：总学时50，讲课学时：40，实验学时：10。
中药炮制是根据中医药理论、按照医疗、调配、制剂的不同要求，以及药材自身性质，所采取的一项制药技术。《中药炮制学》是研究中药炮制理论、工艺、规格标准、炮制品的临床应用、历史沿革及其发展方向的学科。通过教学，要求学生掌握中药炮制的基本理论和方法，并能用现代科学知识去解释重点药物的炮制原理，熟悉炮制品的性状、特征；了解中药炮制的起源、现状及历代书籍中有关炮制的论述，初步具有从事中药炮制研究及开发应用的能力。
中药药剂学Traditional Chinese Medicine pharmacy：总学时70，讲课学时：40，实验学时：30。
中药药剂学课程主要讲授中药药剂学的基本理论、基本知识和中药药剂的基本技能；并适当介绍国内外在该学科的新成果，反映现阶段中药药剂生产与应用的先进水平。本课程还涉及一部分药物剂型和制剂的设计、制备、生产、及质量控制等方面的理论和技能。通过本课程的教学，使学生能掌握中药各种常用剂型的特点、制备工艺和质量控制等的基本理论、基本知识、基本技能，能将中药制成适宜剂型，以质量优良的中药药剂满足医疗卫生的需要，并具有初步进行中药剂型改进和新产品开发等研究的能力，为从事临床合理用药和提供安全、有效、稳定、使用方便的药品等工作奠定基础。
中药制剂分析Analysis of Traditional Chinese Medicine：总学时70，讲课学时：40，实验学时：30。
中药制剂分析是以中医药理论为指导，运用现代分析理论和方法，研究中药制剂质量的一门应用学科。本课程主要学习中药制剂、结构明确的天然药物及其制剂的质量问题，同时亦涉及化学合成药物、生化药物的质量控制。通过本学科的课堂讲授和实验教学学习，要求学生掌握中药制剂分析的基本原理和实验技能，树立全面药品质量管理观念。同时对药物分析的发展趋向有所了解，以适应科学发展及药品质量控制的需要。
制药分离工程 Pharmacy Separation Engineering：总学时78，讲课学时：48，实验学时：30。
制药分离工程是一门运用现代化科学理论与方法研究药物成分分离的一门学科。内容包括常用分离技术及近年发展的新型分离技术的原理、理论、方法、工艺及其应用，重点系统地讲解了萃取、超临界流体萃取、液相非均相物系的分离、膜分离、吸附与离子交换、色谱分离过程、电泳分离技术、干燥和造粒、工业结晶过程与设备、蒸馏技术等内容。本课程要求学生掌握药物成分的提取、分离、精制及结构鉴定的基本理论和技能。了解药物化学成分结构测定的一般原则和方法，以及寻找药物成分的途径，为开发研究新药奠定基础。
中药制药工程原理与设备Principle and Equipment of Chinese Pharmaceutical Engineering：总学时48。
中药制药工程原理与设备是研究中药制药过程中主要设备的基本原理、选型、工艺设计及其发展方向的课程，是中药制药生产和科研中主要环节之一，具有较强的工程性和实践性，是联系中药制造过程理论与生产实践的桥梁。本课程作为中药制药工程专业的专业基础课，其目的是培养学生解决中药制药生产中相关的实际问题的能力，适应我国中药制药生产的现代化需要，培养理工兼备的高级中药技术人才。
药物化学Pharmaceutical Chemisry：总学时60，讲课学时：40，实验学时：20。
药物化学是一门发现与发明新药、合成化学药物、阐明药物化学性质、研究药物分子与机体细胞（生物大分子）之间相互作用规律的综合性学科，是药学领域中重要的带头学科。它主要研究化学药物的化学结构特征、与此相联系的理化性质、稳定性状况，同时又了解药物进入体内后的生物效应、毒理作用及药物进入体内的生物转化等化学-生物学内容。
天然药物化学Natural Products Chemistry：总学时60，讲课学时：40，实验学时：20。
天然药物物化学是结合现代医药基本理论，运用化学原理和技术方法研究天然药物化学成分的一门学科，是制药工程专业本科学生必修的专业课。通过教学使学生能够掌握天然药物中所含成分的结构类型、理化性质、提取、分离、检识的基本原理、方法和技能，熟悉药物化学成分结构鉴定的基本理论和方法，了解紫外、红外、质谱、核磁共振解析技术在药物有效成分结构测定中的应用，为今后从事药物质量控制和研究新药奠定坚实的基础。
药物合成反应Organic Reactions for Drug Synthesis：总学时70，讲课学时：40，实验学时：30。
药物合成反应是制药工程专业药物制剂方向基础课，使学生在学习有关基础课程后能系统地掌握化学药物及其中间体制备中重要有机合成反应和合成设计原理，以利于培养学生在实际药物合成工作中的观察分析、思维理解和独立解决问题的能力。内容包括重要的药物合成反应如：卤化、烃化、酰化、缩合、重排、氧化和还原等常见的单元反应和药物合成设计原理。各单元反应着重介绍反应机理，讨论反应物（试剂）的结构、反应条件和反应方向、反应产物之间的关系，力求突出药物合成反应中反应物骨架、官能团或化学键变化的最根本特征和选择性控制方面的研究进展。
药剂学 Pharmaceutics：总学时78，讲课学时：48，实验学时：30。
药剂学是制药工程专业主干课程之一。主要研究将药物制成供临床直接应用的制剂的配制理论、处方设计、生产技术、质量评价等内容的综合性应用技术学科。通过本课程的教与学，力求使制剂理论与生产实践相结合，不仅培养学生具有剂型及其制剂设计、生产及质量控制等方面的基本理论、基本知识和基本技能，而且培养学生独立分析和解决问题的能力，良好的敬业精神与职业道德。为从事药物制剂的研究、开发，以及研究探讨新剂型和新制剂打下扎实的基础。
药物分析 Pharmaceutical Analysis：总学时70，讲课学时：40，实验学时：30。
药物分析是一门综合性的应用学科，其实践性、应用性均很强。是以有机化学、分析化学、物理化学等为基础的学科，也是制药工程专业的必修课程。主要运用物理化学、化学或生物化学的方法和技术研究化学合成药物、结构明确的天然药物和抗生素类药物及其制剂的质量问题，同时亦涉及中药制剂、生化药物的质量控制。其任务是培养学生具备强烈的药品全面质量控制的观念及相应的知识技能，能够胜任药品研究、生产、供应、使用和监督管理过程中的分析检验工作，并具有解决药品质量问题的基本思路和能力。
制药工程学 Pharmaceutical Engineering ：总学时48。
从制药工程师的角度，全面系统地阐述了制药工程学的基本内容。分别论述了制药工程设计概述、厂址选择和总平面设计、工艺流程设计、物料衡算、能量衡算、制药反应设备、制药专用设备、车间布置设计、管道设计、制药工业与环境保护、防火防爆与安全卫生以及技术经济与工程概算等，在论述过程中注重理论知识在工程实际中的应用，并列举了大量的实例，故具有很强的实用性和可操作性。